干货分享 | 实用核酸染料小知识-产品资讯-资讯-生物在线

干货分享 | 实用核酸染料小知识

作者:翌圣生物科技(上海)股份有限公司 2022-11-25T14:54 (访问量:3668)

干货分享 | 实用核酸染料小知识

凡是要做核酸电泳,就不可避免要接触核酸染料。小翌在初入实验室时,用的就是溴化乙锭(Ethidium Bromide,EB),现在想想真是初生牛犊不怕虎,用的时候也不太注意,甚至有时候跑完胶手套都不带就拿去照胶,全然不把EB毒性放在眼里,还好核酸电泳实验做的不多,健健康康地毕业,平平安安地离开了校园。
那么大家为什么会谈EB色变?既然EB有毒,为何还没有退出科研舞台?常用的核酸染料有哪些,又该如何选择?小翌整理了一些关于核酸染料的内容,相信可以帮你做出判断。

强毒型染料--EB

溴化乙锭(EB)是高度灵敏的嵌入性芳香族荧光化合物,是应用最早的、最成熟的核酸染料,并且由于其价格便宜、灵敏度高,早期被实验者广泛应用。同时由于其分子量小,很轻易就能穿透细胞膜,属于诱变剂,具有高致癌性,对人体潜在危害非常大。EB通常用于分子遗传学、DNA和染色质结构分析等研究中,特别是国内很多实验室仍在使用EB进行核酸凝胶电泳实验的染色。溴化乙锭在紫外区302nm和366nm处有吸收峰,在紫外光的照射下,可被激发出橙红色的荧光(590nm)。通常来说,EB与DNA的结合没有特异性,大约每2.5个碱基插入一个溴化乙锭分子。正是由于这种特性,使其成为一种核酸染料,结合有DNA的溴化乙锭复合物,其荧光强度要比单独的EB染料高出20-30倍,因此溴化乙锭可检测到低至10ng的DNA条带,非常灵敏。

毒性原理:EB是极易渗透细胞膜与胞内DNA嵌合的小分子,它具有平面共轭大环结构,这种扁平分子可以嵌入核酸双链的配对的碱基之间,与DNA嵌合形成稳定的复合物,从而影响DNA的复制,破坏正常的遗传生理现象。EB作为诱变性的化合物,它在人体中诱导突变的机制是不可逆转的。

实验者使用时需要谨慎再谨慎,如果只是手接触了EB污染的东西,用肥皂水洗一下就可以解除危险,但若是拿取凝胶这样直接接触EB的动作,切记一定要带手套操作。实验室单独的EB区占用了大块空间,废胶、废液的处理费时、费力又费钱,而且不小心碰到EB区的东西可能再也不能重见天日了,可以说EB让人又爱又恨。

剧毒型染料--GoldView

Goldview是一种可替代溴化乙锭(EB)的新型核酸染料,采用琼脂糖凝胶电泳检测DNA 时,其与DNA发生结合并产生很强的荧光信号,灵敏度与EB相当,使用方法也完全相同。在紫外透射光下双链DNA呈现绿色荧光,而单链DNA呈现红色荧光。Goldview特别适合大片段(>1 kb)DNA的检测,灵敏度高,也可用于RNA的染色。

事实上,Goldview的主要成分就是吖啶橙,是极灵敏的荧光染料,具有细胞渗透性,可对细胞中的DNA和RNA同时染色而显示不同颜色的荧光。其激发峰为492nm,荧光发射峰为 530nm(DNA )、640nm(RNA),它与双链DNA的结合方式是嵌入双链之间,而与单链DNA和RNA则由静电吸引堆积在其磷酸根上。

Goldview对于大片段DNA的染色效果良好,对于更小片段DNA(特别是<500bp)的检测信号可能很弱或者无信号。还有一个很致命的弱点是它的荧光基团在紫外灯下非常容易淬灭,一般5-10min条带就会消失。另外含Goldview的凝胶不适合进行胶回收实验,本底色严重,不稳定,在紫外灯下其诱导突变能力极高。

总之,Goldview具有细胞渗透性,有一定的细胞毒性。建议操作人员使用时一定做好防护措施,带上手套和口罩,并妥善处理好废弃物。

无毒型染料—GelRed/GelGreen

随着技术的发展,人们对健康与环境安全的重视,无毒核酸染料应运而生。GelRed/GelGreen是油性大分子产品,不能穿透细胞膜进入细胞内,不易挥发升华,人体不会吸入,经过艾姆斯氏和相关测试表明这两种染料无明显诱变性,是集高灵敏、低毒性和超稳定于一身的极佳的荧光核酸凝胶染色试剂。同时其水溶染色剂通过美国环保局安全认定,废弃物可直接倒入下水道,不会造成任何环境污染。

GelRed和GelGreen的特殊化学结构使其难以穿透细胞膜进入细胞,正是这一特性降低了染料的细胞毒性。不过也正是因为如此,其价格大约是GoldView的十倍左右,是目前市场中最灵敏的凝胶核酸染料之一。而且染料稳定性极好,可以使用微波炉加热,可以在室温下保存,适用于胶染法(同EB,电泳前染色)和泡染法(电泳后染色)。

YeaRed与EB具有相同的光谱特性,无需改变滤光片及观察装置(普通紫外凝胶透射仪),在300 nm处紫外光激发检测即可。YeaGreen同SYBR Green I的光谱性质,适用于使用471 nm激发的紫外凝胶成像透射仪或可见光凝胶透射仪观察。两种核酸染料都适用于琼脂糖和聚丙烯酰胺凝胶电泳中的dsDNA、ssDNA以及RNA染色,可选择胶染法或泡染法进行染色,使用非常方便灵活。

总之,这些核酸染料各有千秋,出于自身健康和安全考虑,建议大家优先选择无毒染料,做实验也能多一份安心。不过大家都是在老板手下干活,如果老板觉得只有EB最好用,只让用有毒的核酸染料,那就只能做实验的时候注意保护自己喽!

最后,福利放送!感谢你对翌圣的一路支持,翌圣无毒核酸染料大促活动火热进行中,快来看看吧!

产品详情

产品名称

产品货号

规格

目录价()

活动价

YeaRed Nucleic Acid Gel Stain (10,000× in Water)

10202ES76

500 μL

585

448元(买一赠一)

点击产品名称查看详情

部分已发表文献(使用核酸染料)

向下滑动查看

[1] Wang Y, Fu Z, Li X, et al. Cytoplasmic DNA sensing by KU complex in aged CD4+ T cell potentiates T cell activation and aging-related autoimmune inflammation. Immunity. 2021;54(4):632-647.e9. doi:10.1016/j.immuni.2021.02.003 (IF:31.745)

[2] Yang X, Gao F, Zhang W, et al. "Star" miR-34a and CXCR4 antagonist based nanoplex for binary cooperative migration treatment against metastatic breast cancer. J Control Release. 2020;326:615-627. doi:10.1016/j.jconrel.2020.07.029 (IF:7.727)

[3] Qiao Y, Du J, Ge R, et al. A Sample and Detection Microneedle Patch for Psoriasis MicroRNA Biomarker Analysis in Interstitial Fluid. Anal Chem. 2022;94(14):5538-5545. doi:10.1021/acs.analchem.1c04401 (IF:6.986)

[4] Lin Q, Ye X, Huang Z, et al. Graphene Oxide-Based Suppression of Nonspecificity in Loop-Mediated Isothermal Amplification Enabling the Sensitive Detection of Cyclooxygenase-2 mRNA in Colorectal Cancer. Anal Chem. 2019;91(24):15694-15702. doi:10.1021/acs.analchem.9b03861 (IF:6.350)

[5] Lin Q, Huang Z, Ye X, et al. Lab in a tube: Isolation, extraction, and isothermal amplification detection of exosomal long noncoding RNA of gastric cancer. Talanta. 2021;225:122090. doi:10.1016/j.talanta.2021.122090 (IF:6.057)

[6] Wang W, Nie A, Lu Z, Li J, Shu M, Han H. Catalytic hairpin assembly-assisted lateral flow assay for visual determination of microRNA-21 using gold nanoparticles. Mikrochim Acta. 2019;186(9):661. Published 2019 Aug 30. doi:10.1007/s00604-019-3743-8 (IF:5.479)

[7] Lin Z, Wang J, Zhao S, et al. Goose IRF7 is involved in antivirus innate immunity by mediating IFN activation. Dev Comp Immunol. 2022;133:104435. doi:10.1016/j.dci.2022.104435 (IF:3.636)

[8] Lin Q, Ye X, Yang B, et al. Real-time fluorescence loop-mediated isothermal amplification assay for rapid and sensitive detection of Streptococcus gallolyticus subsp. gallolyticus associated with colorectal cancer. Anal Bioanal Chem. 2019;411(26):6877-6887. doi:10.1007/s00216-019-02059-8 (IF:3.286)

翌圣生物科技(上海)股份有限公司 商家主页

地 址: 上海市浦东新区天雄路166弄一号楼三层南单元

联系人: 李自转

电 话: 400-6111-883、021-34615995-8075

传 真: 021-34615995-188

Email:lizizhuan@yeasen.com

相关咨询
ADVERTISEMENT