上期给大家介绍了微生物研究中常见的图表含义，那么这些图表是如何绘制出来的大家知道吗？今天小编就来给大家介绍几款图表绘制软件，供大家使用。
先来看看下面这几篇文章：
微生物研究中常见图表含义说明 | 16S专题
微生物实验样本获取及制备指南（上篇） | 16S专题
微生物研究必知的6个知识点 | 16S专题
这些都是之前小编同事们写的，大家可以直接点击进去查看，除了这些，今天小编还有一款新的软件要教大家使用——LEfSe 在线分析教程
LEfSe（LDA Effect Size）分析，可以用于两个或多个分组之间的比较，从而找到组间
有显著性差异的物种（即 biomarker），分析步骤主要分为三步：
Step1：利用 Kruskal-Wallis 秩和检验检测所有的特征物种，通过检测不同组间的物种丰
度差异，获得显著性差异物种。
Step2：再利用 Wilcoxon 秩和检验检测上步获得的显著性差异物种的所有亚种是否都趋
同于同一分类级别。
Step3：最后用线性判别分析（LDA），得到最终的差异物种（即 biomarker）。
LEfSe 在线分析网址：http://huttenhower.sph.harvard.edu/galaxy/
网页界面如下：
1、数据格式
一般微生物物种分析结果中都能得到OTU在不同分类水平的物种丰度结果，将数据格式转化为下图所示的网站标准输入格式，即可进行后续的分析。
2、上传数据
将标准格式的文件上传至网站：（Get Data->Upload File），具体设置如下图：
3、LEfSe分析-步骤A）Format Data for LEfSe 格式转化
输出文件格式（该格式文件只是中间文件，具体意义不需要详细理解）如下：
4、LEfSe分析-步骤B） LDA Effect Size (LEfSe) 差异计算与统计
输出结果：
各列意义如下：
第一列：物种信息
第二列：平均丰度最大的log10的值，如果平均丰度小于10按照10来计算
第三列：差异物种富集的组名称
第四列：LDA值
第五列：Kruskal-Wallis秩和检验的P值，如果不是biomarker，则用‘-’表示
5、LEfSe分析（C-F步骤均为作图）
步骤C）Plot LEfSe Results
输出图形结果如下（如果差异过多或过少，可重新设置第四步参数并运算，然后作图）：
步骤D）Plot Cladogram（参数设置与步骤C类似）
输出结果：
图注：不同圆圈表示不同分类层级，从内至外，依次为门-纲-目-科-属。每个节点表示一种物种，黄色表示该物种在三组中无显著性差异，其他颜色，以groupA中的红色为例，如果节点颜色为红色则表示该物种在比较组中有显著性差异，且该物种在groupA中的丰度更高，其他颜色以此类推。具体差异的门和纲直接在左侧图中标出，其他差异以字母表示，具体代表的物种在右侧标出。
步骤E）Plot One Feature （画其中一个物种在不同组样品中的柱状图）
结果展示：
图注：图中不同分组用黑实线隔开，每组柱状图中的实线表示该组样品表达量的平均值，虚线代表该组样品表达量的中位值。
步骤F）Plot Differential Features (绘制差异物种或基因柱状图，输入设置与E基本类似)
步骤E和F的区别在于，E每次只能做一张图，F可以绘制biomarker（或所有的物种）柱状图。一般建议跳过步骤E，直接做步骤F，步骤F的结果一般以压缩包的形式，下载到本地解压后即可查看每个biomarker在不同样品中的表达柱状图。
6、结果下载
今天的作图软件教程就讲到这里了，欢迎大家留言给小编，说出最想学习的教程，说不定下期的专题就是你想学习的那个内容哦~
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